Es el año 2034, el terrorismo ha cambiado ya no solo se manifiesta en el mundo físico ahora también afecta la Net. Para confrontar esta nueva amenaza un grupo elit anti- terrorista y anti-crimen fue formado: Public Security Section 9.

Ya han pasado dos años desde que la comandante Major Motoko Kusanagi fue reasignado de su puesto, después de varios y misteriosos suicidios, el Secto 9 es forzado a enfrentar al Titiritero un peligroso hacker con habilidades insuperables.